Au Togo, la recherche agricole a démarré depuis les périodes coloniales (allemande et française) et s’est poursuivi après l’indépendance avec les différents instituts.

En 1996, face au besoin d’optimiser la contribution de la recherche à l’amélioration de la productivité des filières agricoles et l’autosuffisance alimentaire, l’Etat a restructuré le système de recherche agronomique par le regroupement des services de recherche agricole tels que l’Institut de recherches du coton et des textiles (IRCT), Institut de recherche sur café-cacao (IRCC), Institut (INCV), Institut national des sols (INS), Direction national des technologies alimentaires (DNTA), Institut national zootechnie et vétérinaire (INZV) et Centre d’appui technique de Kolocopé (CAT-K) en une structure nationale dénommée Institut Togolais de Recherche Agronomique (ITRA).

Ainsi, L’ITRA a été créé en 1997 par décret n° 97-106/PR du 23 juillet 1997 suite à la restructuration du Ministère de l’agriculture de l’élevage et de la pêche (MAEP) dans le cadre du Projet national d’appui aux services agricoles (PNASA) avec un statut de Société Anonyme d’Economie Mixte (SEM S.A).

En 2008, il a été transformé en un Etablissement Public à caractère scientifique par décret n°2008-118/PR du 29 août 2008 portant transformation de la personnalité morale de l’ITRA dans le cadre de la revue stratégique et opérationnelle du Ministère.

Placé sous la tutelle technique du Ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche et sous la tutelle de gestion du Ministère de l’Agriculture de l’Hydraulique Villageoise et du Développement Rural, l’ITRA a son siège social fixé à Lomé (Agoè-Cacavéli).