Ce deuxième axe comporte l’aspect le plus tangible du CNS. Il s’agira ici de mener des recherches qui devront aboutir à des méthodes de lutte efficaces et durables contre les bioagresseurs. Dans le libellé de cet axe, l’influence des changements climatiques est également sous-entendue mais primordiales car, il n’est sans doute pas nécessaire de rappeler que le CNS est partiellement justifié par le besoin de mitigation des effets de ces changements. 

Les mêmes domaines que ceux de l’axe I se retrouvent dans cet axe en plus de ceux dédiés aux domaines qui s’occupent de la prévention et de la gestion des remèdes des affections des plantes et des animaux (phytopharmacie et pharmacie vétérinaire) et la biologie du sol.