Le troisième axe stratégique s’intéresse aux systèmes de production en tant qu’écosystème subissant les effets des changements climatiques. Ces effets induiront des évolutions plus ou moins négatives du point de vue des productions agricoles. En effet, tous les écosystèmes après des décennies d’évolution ont atteint un équilibre fragile qui se trouve aujourd’hui sévèrement menacé par les mutations du climat. 

La rupture de cet équilibre entraine inéluctablement l’évolution de la flore et de la faune (microfaune) de l’écosystème vers d’autres points d’équilibres qui pourraient influencer négativement nos systèmes de production. Ces nouvelles situations ont besoins d’être décryptées afin d’identifier les mesures à prendre pour adapter notre agriculture aux évolutions du climat. Les mêmes domaines de recherche que ceux listés au niveau de l’axe I se retrouve dans cet axe III.