La direction des laboratoires a pour mission de générer les technologies de valorisation et de transformation des produits agricoles au profit des opérateurs économiques.
En outre elle intervient dans la détermination de la qualité des sols, plantes et aliments ainsi que dans l’amélioration de la protection, transformation et conservation des produits.

Elle est organisée en trois laboratoires à savoir laboratoire d’analyses de sol, eau, végétaux, engrais ; laboratoire de défense des cultures et de biotechnologies végétale ; laboratoire de nutrition et de technologie alimentaire.
Les laboratoires de l’ITRA sont dotés d’équipements et d’un personnel permettant d’offrir plusieurs prestations dont:

• Analyse physico-chimique des sols, des plantes des eaux et des engrais ;
• Caractérisation des sols assortis de carte pédologique ;
• Contrôle et analyse de la qualité biochimique et microbiologique des denrées alimentaires, etc.