Le Conseil de Surveillance
Le Conseil de Surveillance de l’ITRA est composé du Ministre de l’Agriculture ; de l’Hydraulique Villageoise et du Développement Rural ; du Ministre chargé de l’Economie et des Finances et du Ministre chargé de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche.

Le Conseil d’Administration
L’ITRA, au terme de l’article 11 du décret N° 2008-118/PR du 29 Août 2008, portant transformation de son statut juridique est administré par un Conseil d’Administration composé de dix (10) membres désignés par le Conseil de Surveillance.

Le Conseil Scientifique
Le Conseil d’Administration est assisté par un Conseil Scientifique qui est consulté pour les décisions relatives à la politique scientifique et aux activités de recherche. Il approuve les programmes de recherche en fonction de la politique agricole en vigueur et des évolutions de la science. Il est composé de sept (07) membres dont un (01) représentant d’un centre international de recherche installé sur le territoire togolais.

La Direction Générale
La Direction Générale de l’établissement est assurée par un Directeur Général. Il est nommé par décret en Conseil des Ministres sur proposition du Ministre de l’Agriculture de l’Hydraulique Villageoise et du Développement Rural. Le Directeur Général exécute la décision du Conseil d’Administration à qui il rend compte de sa mission.
La Direction Générale est assistée dans sa tâche par ses démembrements que sont la Direction Scientifique (DS), la Direction des Finances et de la Comptabilité (DAFC), la Direction des Technologies Alimentaires et de la Nutrition (DTAN) et les Centres de recherche agronomique (CRA).